File size: 3,612 Bytes
2676cd2 ad760ef dca7b00 b44075a dca7b00 b44075a dca7b00 b44075a dca7b00 b44075a dca7b00 b44075a dca7b00 ad760ef dca7b00 b44075a | 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 | ---
license: cc-by-nc-nd-4.0
---
# Directory Structure
```
.
├── README.md
├── dpacman
│ ├── data
│ │ ├── README.md
│ │ ├── chip_atlas
│ │ │ ├── full_data_loading.py
│ │ │ └── smaller_data_loading.py
│ │ ├── remap
│ │ │ ├── analyze.py
│ │ └── tfclust
│ │ ├── analyze.py
│ │ ├── api_download.py
│ │ ├── combine.py
│ │ ├── download.py
│ │ ├── figures
│ │ │ ├── seq_lengths_box.png
│ │ │ ├── seq_lengths_flanked_box.png
│ │ │ ├── seq_lengths_flanked_hist.png
│ │ │ ├── seq_lengths_flanked_xlog_box.png
│ │ │ ├── seq_lengths_flanked_xlog_hist.png
│ │ │ ├── seq_lengths_hist.png
│ │ │ ├── seq_lengths_xlog_box.png
│ │ │ └── seq_lengths_xlog_hist.png
│ │ ├── hg38_success_download.log
│ └── data_files
│ ├── processed
│ │ └── tfclust
│ │ ├── hg19
│ │ │ ├── encRegTfbsClustered_hg19_chr1.csv
│ │ │ └── logs
│ │ │ ├── completed.txt
│ │ │ ├── completed_worker_0.txt
│ │ │ ├── worker_0.log
│ │ └── hg38
│ │ ├── encRegTfbsClustered_hg38_chr1.csv
│ │ └── logs
│ │ ├── completed.txt
│ │ ├── completed_worker_0.txt
│ │ ├── worker_0.log
│ └── raw
│ ├── chip_atlas
│ │ └── experimentList.tab
│ ├── genomes
│ │ ├── hg19
│ │ │ ├── hg19_chr1.json
│ │ └── hg38
│ │ ├── hg38_chr1.json
│ ├── remap
│ │ ├── reMap2022.bb
│ │ ├── reMap2022.bed
│ │ ├── remap2022_all_macs2_hg38_v1_0.bed.gz
│ │ └── remap2022_crm_macs2_hg38_v1_0.bed
│ └── tfclust
│ ├── encRegTfbsClusteredWithCells.hg19.bed
│ ├── encRegTfbsClusteredWithCells.hg38.bed
│ └── encRegTfbsClustered_data
│ ├── hg19
│ │ ├── hg19_encRegTfbsClustered_chr1.json
│ └── hg38
│ ├── hg38_encRegTfbsClustered_chr1.json
├── environment.yaml
├── setup.py
└── tree_output.txt
```
20 directories, 3089 files
In `data_files` subfolders, only representative files for certain chromosomes are shown. In reality, any file that contains the substring "_chr" exists for every chromosome in that genome. Genome hg38 has 711 chromosomes. Genome hg19 has 298 chromosomes. To reconstruct a full directory structure, run the following from `DPACMAN`
```
tree -I '__pycache__|*.egg-info|*.git' > tree.txt
``` |