OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "organ", "-", "specific", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", "are", "disrup", "ted", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "maintain", "tissue", "fluid",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "here", ",", "we", "show", "that", "lymphatic", "capillaries", "initiate", "adjacent", "to", "cortical", "kidney", "tubules", "and", "lack", "smooth", "muscle", "coverage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "these", "vessels", "exhibit", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "signature", ",", "enriched", "for", "ccl", "##14", ",", "dnase", "##1l", "##3", ",", "and", "md", "##k", ",", "with", "limited", "expression", "of", "canonical", "immune", "-", "t...	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...
[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "become", "disor", "gan", "##ized", "and", "infiltrate", "the", "medulla", ",", "with", "their", "endothelial", "junctions", "remodeling", "from", "a", "button", "-", "like", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "localize", "around", "and", "interconn", "##ect", "tertiary", "lymphoid", "structures", "at", "different", "maturation", "stages", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly",...	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "infiltrating", "t", "cells", "express", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "upregulates", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "including", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "simultaneously", ",", "lymphatic", "##s", "acquire", "hla", "class", "ii", "expression", "and", "exhibit", "c4", "##d", "deposition", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "binding", "and", "complement", "activation", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "these", "findings", "define", "the", "spatial", "and", "molecular", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "revealing", "toler", "##ogenic", "reprogramming", "accompanied", "by", "structural", "perturbations", "during", "chro...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "##s", "are", "blind", "-", "ended", "vessels", "lined", "by", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", ";", "they", "are", "responsible", "for", "clearing", "fluid", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "during", "inflammation", ",", "lymphatic", "##s", "expand", "through", "lymphangi", "##ogenesis", "to", "facilitate", "leukocyte", "efflux", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "their", "role", "and", "therapeutic", "potential", "in", "lymph", "##edema", "(", "4", ")", ",", "cardiov", "asc", "##ular", "disease", "(", "5", "–", "7", ")", ",", "cancer", "(", "8", ")", ",", "and", "neuropathology", "or", "neuroinflammatio...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "in", "the", "kidney", ",", "lymphatic", "vasculature", "is", "considered", "an", "important", "entity", "in", "physiology", "and", "disease", "(", "11", "–", "14", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "epithelial", "nephron", "##s", "and", "their", "associated", "blood", "capillary", "networks", "(", "15", ")", "underlie", "plasma", "ultrafiltration", ",", "fluid", "homeostasis", ",", "and", "acid", "-", "base", "balance", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "although", "lymphatic", "##s", "appear", "in", "the", "human", "fetal", "kidney", "by", "the", "end", "of", "the", "first", "trimester", "(", "16", ")", ",", "their", "precise", "spatial", "organization", ",", "molecular", "identity",...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "kidney", "transplantation", ",", "the", "most", "common", "solid", "organ", "transplant", ",", "has", "excellent", "short", "-", "term", "outcomes", "but", "is", "limited", "long", "-", "term", "by", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "chronic", "rejection", ",", "driven", "by", "both", "t", "cell", "–", "mediated", "injury", "and", "/", "or", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "targeting", "hla", ",", "results", "in", "microvascular", "injury", ",", "interstitial", "fibros...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphatic", "##s", "serve", "as", "a", "route", "for", "trafficking", "of", "antigens", "and", "leukocytes", ",", "but", "their", "role", "in", "transplant", "immunity", "remains", "controversial", "(", "11", ",", "21", ",", "22", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphangi", "##ogenesis", "in", "kidney", "transplants", "(", "23", "–", "26", ")", "has", "been", "associated", "with", "promoting", "resolution", "of", "inflammation", "and", "improving", "allograft", "function", "(", "27", "–", "29", ")", "but", "also", ...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "contrasting", "findings", "underscore", "the", "need", "to", "better", "understand", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplant", "rejection", "and", "how", "it", "diverg", "##es", "from", "other", "kidney", "pathologies", "featuring", "lymphangi", "##og...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "here", ",", "we", "used", "3d", "microscopy", "of", "optically", "cleared", "and", "immunolabeled", "tissue", ",", "in", "addition", "to", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "identified", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "capillaries", "around", "cortical", "nephron", "segments", ",", "with", "a", "distinc", "t", "molecular", "signature", "compared", "with", "lec", "##s", "from", "other", "organs", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "vessels", "expanded", "into", "the", "medulla", "and", "were", "structurally", "disor", "gan", "##ized", ",", "with", "disrup", "ted", "lec", "-", "cell", "junctions", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "this", "setting", ",", "lymphatic", "##s", "surrounded", "tertiary", "lymphoid", "structures", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "our", "molecular", "analyses", "suggest", "that", "lec", "##s", "are", "toler", "##ogenic", "and", "respond", "to", "t", "cell", "–", "derived", "ifn", "-", "γ", "by", "upregulating", "immune", "-", "inhibitory", "molecules", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "critically", ",", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", "also", "expressed", "hla", "class", "ii", "and", "exhibited", "complement", "4d", "(", "c4", "##d", ")", "deposition", ",", "indicative", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", ...	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "our", "findings", "revealed", "that", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "chronic", "rejection", "adopt", "potentially", "compensatory", "toler", "##ogenic", "changes", "but", "are", "concurrently", "structurally", "perturbed", ",", "better", "definin...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "characterize", "lymphatic", "architecture", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "we", "analyzed", "tissue", "samples", "from", "4", "deceased", "organ", "donors", "with", "minimal", "c...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "intact", "tissue", "samples", "(", "<", "3", "mm", ")", "were", "immunolabeled", "using", "a", "d2", "-", "40", "monoclonal", "antibod", "y", "targeting", "pod", "##opl", "##anin", "(", "pd", "##pn", ")", "(", "37", ")", "and", "imaged", "using", "con...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "pd", "##pn", "vessel", "networks", "were", "visualized", "in", "the", "human", "kidney", "cortex", "(", "figure", "1a", "and", "supplemental", "video", "1", ")", ",", "and", "antibod", "y", "-", "omitted", "controls", "displayed", "minimal", "autofluorescence...	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mapping", "vessel", "radius", "revealed", "a", "hierarchical", "network", ",", "with", "small", "lymphatic", "##s", "(", "radius", "~", "3", ".", "5", "μm", ")", "initiating", "in", "the", "cortex", "and", "converging", "into", "larger", "vessels", "(", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "...
[ "the", "cells", "lining", "these", "vessels", "expressed", "prosp", "##ero", "homeobox", "protein", "1", "(", "prox", "##1", ")", "(", "figure", "1c", ")", ",", "a", "canonical", "lec", "transcription", "factor", "(", "39", ",", "40", ")", "but", "showed...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "elucidate", "the", "micro", "##anat", "##omical", "localization", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", ",", "auto", "##fluores", "##cent", "tissue", "signals", "were", "captur...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "large", "cal", "##iber", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "adjacent", "to", "arteries", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "branching", "into", "smaller", "cortical", "vessels", "(", "supplemental", "video", "2", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "col", "##abe", "##ling", "with", "lot", "##us", "tetra", "##go", "##no", "##lo", "##bus", "lectin", "(", "lt", "##l", ",", "proximal", "tubules", ")", "and", "uro", "##mod", "##ulin", "(", "um", "##od", ",", "loop", "of", "hen", "##le", ")", "revealed...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "despite", "previous", "reports", "of", "subc", "##aps", "##ular", "lymphatic", "##s", "(", "42", ",", "43", ")", ",", "these", "were", "not", "detected", "in", "3d", "reconstructions", "(", "figure", "1g", ")", "or", "optical", "z", "-", "sections", "("...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "in", "the", "cortex", ",", "lymphatic", "##s", "followed", "ua", "##e", "-", "i", "arterioles", "toward", "glomeruli", "(", "figure", "1h", ")", ",", "extending", "terminal", "branches", "near", "mega", "##lin", "(", "lrp", "##2", ")", "proximal", "tubule...	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...
[ "lymphatic", "##s", "converge", "##d", "toward", "the", "kidney", "hil", "##um", ",", "adjacent", "to", "medullary", "dol", "##ich", "##os", "bif", "##lor", "##us", "agglutin", "##in", "(", "dba", ")", "collecting", "ducts", "(", "figure", "1k", ")", "and"...	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "a", "model", "summarizing", "these", "findings", "is", "presented", "in", "figure", "1", "l", ".", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "because", "of", "the", "rarity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", "relati...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Cel...
[ "to", "sur", "##mo", "##unt", "this", ",", "we", "lever", "##aged", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "59", "kidneys", ",", "supplemented", "with", "5", "new", "samples", "(", "supplemental", "figure", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "integrated", "dataset", "comprised", "217", ",", "411", "human", "kidney", "cells", ",", "with", "151", ",", "038", "control", "samples", "(", "living", "donor", "biopsies", "or", "unaffected", "regions", "of", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "#...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType"...
[ "all", "cell", "types", "were", "manually", "annotate", "d", "(", "supplemental", "figure", "2c", ")", ",", "revealing", "38", "clusters", "(", "figure", "2a", ")", ",", "including", "a", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "cluster", "containing", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "from", "control", "samples", ",", "we", "curate", "d", "a", "transcriptional", "signature", "of", "healthy", "kidney", "lymphatic", "##s", "(", "supplemental", "data", "1", ")", ",", "comprising", "22...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Cel...
[ "these", "genes", "were", "enriched", "for", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "terms", "associated", "with", "lymphatic", "fate", "commitment", "(", "go", ":", "006", "##08", "##38", ",", "fold", "-", "enrichment", ">", "100", ",", "fdr", "=", "1", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "canonical", "lec", "markers", "were", "identified", ",", "including", "prox", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "97", ")", ",", "pd", "##pn", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "65", ")", ",", "neurop", "##ilin", "2", "(", "nr", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "also", "identified", "genes", "previously", "linked", "to", "kidney", "disease", "(", "44", "–", "46", ")", ",", "such", "as", "fatty", "acid", "binding", "protein", "4", "(", "fabp", "##4", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "69", ")", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "frequent", "use", "of", "prox", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", "to", "identify", "or", "target", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "preclinical", "studies", "(", "11", ",", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "...
[ "prox", "##1", "was", "detected", "not", "only", "in", "lec", "##s", ",", "but", "also", "in", "loop", "of", "hen", "##le", "and", "distal", "conv", "##ol", "##uted", "tubule", "clusters", "(", "figure", "2b", ")", ",", "a", "finding", "validated", "by...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "in", "contrast", "to", "mouse", "data", "(", "38", ",", "48", ")", ",", "prox", "##1", "was", "not", "detected", "in", "vas", "##a", "rect", "##a", "at", "both", "the", "transcript", "(", "figure", "2b", ")", "and", "protein", "level", "(", "figure"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ly", "##ve", "##1", ",", "meanwhile", ",", "was", "expressed", "by", "macrophages", "(", "figure", "2e", ")", "as", "reported", "in", "mouse", "(", "49", ")", "and", "human", "kidneys", "(", "50", ")", ",", "and", "it", "was", "also", "detected", "i...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tis...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "probe", "the", "phenotype", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "and", "whether", "the", "vessels", "we", "detected", "included", "smooth", "muscle", "–", "lined", "collecting", "v...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...
[ "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "both", "hil", "##um", "and", "cortex", "lacked", "smooth", "muscle", "coverage", "(", "figure", "2", ",", "g", "and", "h", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "corroborated", "this", "using", "subcl", "##uster", "##ing", "analysis", "of", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", ",", "combining", "295", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidney", "with", "157", "additional", "cells", "from", "a", "recent", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "revealed", "2", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "subcl", "##usters", "(", "figure", "2i", ")", ",", "which", "expressed", "lec", "capillary", "markers", "prox", "##1", ",", "pd", "##pn", ",", "and", "ccl2", "##1", "(", "figure", "2j", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "only", "rare", "cells", ",", "not", "specific", "for", "either", "subcl", "##uster", ",", "expressed", "molecular", "markers", "of", "lymphatic", "valve", "endothelial", "cells", ",", "gata", "##2", "and", "fox", "##c2", "(", "figure", "2j", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "differential", "expression", "analysis", "between", "the", "2", "capillary", "subcl", "##usters", "identified", "129", "degs", "(", "supplemental", "data", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "one", "subcl", "##uster", "was", "enriched", "for", "adipose", "signaling", "peptide", "neurot", "##ensin", "(", "nts", ",", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "60", ")", "(", "55", ")", ",", "and", "the", "other", "expressed", "ccl2", "(", "log", "2"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "investigate", "if", ",", "akin", "to", "their", "blood", "vascular", "counterparts", ",", "kidney", "lymphatic", "##s", "possess", "an", "organ", "-", "specific", "signature", "(", "56", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "the", "final", "dataset", "encompassed", "13", ",", "454", "lec", "##s", "from", "19", "anatomical", "sites", "(", "supplemental", "figure", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "resolved", "5", "transcriptionally", "distinc", "t", "subcl", "##usters", "(", "figure", "3a", "and", "supplemental", "data", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "four", "subcl", "##usters", "expressed", "lymphatic", "capillary", "markers", "ccl2", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "while", "the", "fifth", "expressed", "lymphatic", "valve", "markers", "fox", "##c2", "and", "integrin", "alpha", "9", "(", "itg", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "visceral", "organ", "–", "derived", "lec", "##s", "(", "kidney", ",", "heart", ",", "lung", ",", "intestines", ")", "were", "predominantly", "grouped", "within", "1", "subcl", "##uster", "(", "lec", "1", ")", ",", "whereas", "breast", "lymphatic", "##s", ...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue"...
[ "this", "spatial", "segregation", "was", "reflected", "in", "predicted", "transcription", "factor", "activity", "(", "supplemental", "figure", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "comparative", "analysis", "(", "supplemental", "data", "4", ")", "identified", "118", "degs", "upregulated", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "other", "organs", "(", "figure", "3c", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "top", "kidney", "lymphatic", "-", "enriched", "genes", "included", "dnase", "##1l", "##3", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "77", ",", "p", "=", "3", ".", "24", "×", "10", ")", ",", "the", "chemok", "ine", "ccl", "##14", "(", "log", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "most", "of", "these", "genes", "were", "also", "expressed", "by", "blood", "endoth", "##elia", "in", "the", "kidney", ",", "whereas", "a2", "##m", "was", "also", "expressed", "by", "stromal", "cells", "(", "supplemental", "figure", "3d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "the", "251", "degs", "with", "lower", "expression", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "those", "from", "other", "organs", "(", "figure", "3d", ")", "were", "ly", "##ve", "##1", "and", "the", "major", "neutrophil", "chemoat", "trac...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "conversely", ",", "lec", "##s", "in", "these", "visceral", "organs", "expressed", "the", "alarm", "##in", "cytokine", "il", "##33", "(", "66", ")", ",", "which", "was", "reduced", "in", "lymphatic", "##s", "of", "the", "skin", "and", "breast", "(", "fig...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "provide", "pathological", "context", "to", "the", "kidney", "lymphatic", "degs", ",", "we", "examined", "their", "expression", "in", "neph", "##rose", "##q", ",", "a", "gene", "expression", "dat...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dnase", "##1l", "##3", "was", "significantly", "upregulated", "in", "the", "tubul", "##o", "interstitium", "of", "patients", "with", "lupus", "nephritis", "(", "n", "=", "31", ")", "compared", "with", "controls", "(", "n", "=", "8", ",", "mean", "differen...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "conversely", ",", "md", "##k", "was", "significantly", "upregulated", "in", "several", "inflammatory", "and", "metabolic", "kidney", "diseases", ",", "except", "for", "minimal", "change", "disease", "(", "figure", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "collectively", ",", "our", "analyses", "demonstrated", "that", "kidney", "lec", "##s", "have", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "profile", ",", "enriched", "for", "dnase", "##1l", "##3", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphangi", "##ogenesis", "has", "been", "observed", "during", "transplant", "rejection", "in", "both", "rodent", "models", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "67", ")", "and", "humans", "(", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "to", "investigate", "this", "in", "the", "human", "context", ",", "we", "profiled", "kidney", "transplants", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "a", "setting", "in", "which", "both", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "and", "t", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-C...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "analyzed", "3", "allografts", "with", "histological", "features", "consistent", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "including", "t", "cell", "–", "and", "antibod", "y", "-", "mediated",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "the", "lymphatic", "vascular", "network", "exhibited", "marked", "disor", "gan", "##ization", ",", "with", "loss", "of", "the", "hierarchical", "structure", "observed", "in", "controls", "(", "figure", "4a", ")", "....	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "quantitative", "analysis", "revealed", "a", "7", "-", "fold", "increase", "in", "mean", "lymphatic", "vessel", "density", "(", "95", ".", "12", "±", "49", ".", "21", "vs", ".", "690", ".", "3", "±", "121", ".", "6", "vessels", "/", "mm", ",", "p",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "notably", ",", "lymphatic", "vessels", "also", "infiltrated", "the", "allograft", "medulla", ",", "a", "region", "devoid", "of", "lymphatic", "##s", "in", "healthy", "kidneys", "(", "figure", "4", ",", "c", "and", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lec", "-", "cell", "junctions", "are", "key", "regulators", "of", "immune", "cell", "trafficking", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "homeostasis", ",", "these", "junctions", "form", "discontinuous", "“", "button", "-", "like", "”", "structures", "that", "facilitate", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", ",", "whereas", "during", "chronic", "inflammation", ",", "they", "tra...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "given", "the", "accumulation", "of", "infiltrating", "lymphocytes", "in", "chronically", "reject", "##ing", "grafts", "(", "71", "–", "73", ")", ",", "we", "hypothesized", "that", "altered", "lymphatic", "junctional", "architecture", "might", "be", "a", "featur...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "assess", "this", ",", "we", "immunostained", "for", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "cdh", "##5", ")", ",", "a", "key", "component", "of", "endothelial", "junctions", "(", "supplemental", "video", "7", ")", ",", "and", "used", "pd", "##p...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "...
[ "discontinuous", "cdh", "##5", "lec", "junctions", "were", "quantified", "in", "both", "control", "(", "figure", "4e", ")", "and", "chronic", "rejection", "(", "figure", "4f", ")", "samples", ",", "and", "values", "were", "normalized", "to", "total", "lympha...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "observed", "a", "reduction", "in", "disconn", "##ected", "(", "button", "-", "like", ")", "junctions", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "4h", ",", "mean", "difference", "=", "2", ".", "7", "×", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "structural", "perturbation", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "next", "examined", "their", "spatial", "relationship", "to", "organized"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "hallmark", "of", "allo", "##immun", "##ity", "is", "the", "formation", "of", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", "##s", ")", ",", "ectopic", "lymph", "node", "–", "like", "aggregation", "##s", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O",...
[ "tls", "##s", "facilitate", "local", "antigen", "presentation", "and", "lymphocyte", "activation", ",", "and", "they", "have", "been", "associated", "with", "progressive", "graft", "injury", "and", "dysfunction", "(", "74", "–", "79", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "using", "tripl", "e", "immunolabeling", ",", "we", "found", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "close", "to", "cd4", "t", "cell", "–", "and", "cd20", "b", "cell", "–", "rich", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I...
[ "to", "assess", "the", "relationship", "between", "lymphatic", "##s", "and", "tls", "maturation", ",", "we", "examined", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd2", "##1", "follicular", "dcs", "and", "peripheral", "lymph", "node", "address", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", ...
[ "the", "lymphatic", "network", "in", "reject", "##ing", "allografts", "interconnected", "multiple", "mature", "tls", "##s", "containing", "hev", "##s", "(", "figure", "5b", "and", "supplemental", "video", "8", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "such", "connections", "were", "not", "detected", "between", "cd31", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "5a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "spatiotemporal", "analysis", "revealed", "that", "all", "identified", "tls", "##s", "were", "near", "lymphatic", "vessels", "(", "figure", "5c", ")", "(", "n", "=", "9", "/", "9", ",", "100", "%", ")", ",", "whereas", "only", "half", "contained", "hev",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "in", "mature", "tls", "##s", "with", "hev", "##s", ",", "pd", "##pn", "lec", "##s", "were", "significantly", "closer", "to", "the", "tls", "core", "than", "hev", "##s", "(", "figure", "5d", ",", "mean", "distance", "=", "49", ".", "53", "±", "23", ...	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "explore", "lymphatic", "-", "lymphocyte", "relationships", "beyond", "defined", "tls", "regions", ",", "we", "performed", "3d", "imaging", "and", "spatial", "quantification", "of", "pd", "##pn", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType...
[ "intraluminal", "cd20", "b", "cell", "density", "was", "reduced", "by", "half", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "6c", ")", ",", "although", "total", "b", "cell", "numbers", "were", "equivocal", ",", "sugg...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "in", "contrast", ",", "total", "intraluminal", "cd4", "t", "cells", "increased", "in", "reject", "##ing", "kidneys", ",", "with", "a", "3", "-", "fold", "increase", "in", "cd4", "t", "cell", "density", "(", "figure", "6d", ")", "relative", "to", "contro...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "further", "assess", "how", "lymphocyte", "position", "relative", "to", "lymphatic", "##s", "is", "altered", "in", "rejection", ",", "we", "performed", "spatial", "statistical", "analysis", ",", "b...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "cd20", "b", "cells", "showed", "no", "significant", "spatial", "association", "with", "lymphatic", "##s", "in", "either", "control", "kidneys", "(", "n", "=", "70", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "63", "##1", ")", "or", "reject", "##ing", "a...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O...
[ "however", ",", "cd4", "t", "cells", "(", "n", "=", "2", ",", "149", "cells", "across", "2", "controls", ")", "had", "a", "peak", "distribution", "within", "0", "–", "100", "μm", "from", "the", "nearest", "lymphatic", "vessel", "and", "were", "signific...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O...
[ "this", "association", "was", "lost", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "4", ",", "382", "cells", ",", "p", "=", "0", ".", "69", "##9", ")", "(", "figure", "6h", ")", ",", "indicating", "disrup", "ted", "t", "cell", "–", "lympha...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "having", "established", "that", "lymphatic", "##s", "are", "structurally", "perturbed", "and", "spatially", "associated", "with", "immune", "aggregates", "in", "chronic", "rejection", ",", "we", "next", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "organ", "-", "specific", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", "are", "disrup", "ted", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "maintain", "tissue", "fluid",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "here", ",", "we", "show", "that", "lymphatic", "capillaries", "initiate", "adjacent", "to", "cortical", "kidney", "tubules", "and", "lack", "smooth", "muscle", "coverage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "these", "vessels", "exhibit", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "signature", ",", "enriched", "for", "ccl", "##14", ",", "dnase", "##1l", "##3", ",", "and", "md", "##k", ",", "with", "limited", "expression", "of", "canonical", "immune", "-", "t...

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...

[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "become", "disor", "gan", "##ized", "and", "infiltrate", "the", "medulla", ",", "with", "their", "endothelial", "junctions", "remodeling", "from", "a", "button", "-", "like", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "localize", "around", "and", "interconn", "##ect", "tertiary", "lymphoid", "structures", "at", "different", "maturation", "stages", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly",...

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "infiltrating", "t", "cells", "express", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "upregulates", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "including", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "simultaneously", ",", "lymphatic", "##s", "acquire", "hla", "class", "ii", "expression", "and", "exhibit", "c4", "##d", "deposition", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "binding", "and", "complement", "activation", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "these", "findings", "define", "the", "spatial", "and", "molecular", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "revealing", "toler", "##ogenic", "reprogramming", "accompanied", "by", "structural", "perturbations", "during", "chro...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "##s", "are", "blind", "-", "ended", "vessels", "lined", "by", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", ";", "they", "are", "responsible", "for", "clearing", "fluid", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "during", "inflammation", ",", "lymphatic", "##s", "expand", "through", "lymphangi", "##ogenesis", "to", "facilitate", "leukocyte", "efflux", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "their", "role", "and", "therapeutic", "potential", "in", "lymph", "##edema", "(", "4", ")", ",", "cardiov", "asc", "##ular", "disease", "(", "5", "–", "7", ")", ",", "cancer", "(", "8", ")", ",", "and", "neuropathology", "or", "neuroinflammatio...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "in", "the", "kidney", ",", "lymphatic", "vasculature", "is", "considered", "an", "important", "entity", "in", "physiology", "and", "disease", "(", "11", "–", "14", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "epithelial", "nephron", "##s", "and", "their", "associated", "blood", "capillary", "networks", "(", "15", ")", "underlie", "plasma", "ultrafiltration", ",", "fluid", "homeostasis", ",", "and", "acid", "-", "base", "balance", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "although", "lymphatic", "##s", "appear", "in", "the", "human", "fetal", "kidney", "by", "the", "end", "of", "the", "first", "trimester", "(", "16", ")", ",", "their", "precise", "spatial", "organization", ",", "molecular", "identity",...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "kidney", "transplantation", ",", "the", "most", "common", "solid", "organ", "transplant", ",", "has", "excellent", "short", "-", "term", "outcomes", "but", "is", "limited", "long", "-", "term", "by", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "chronic", "rejection", ",", "driven", "by", "both", "t", "cell", "–", "mediated", "injury", "and", "/", "or", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "targeting", "hla", ",", "results", "in", "microvascular", "injury", ",", "interstitial", "fibros...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphatic", "##s", "serve", "as", "a", "route", "for", "trafficking", "of", "antigens", "and", "leukocytes", ",", "but", "their", "role", "in", "transplant", "immunity", "remains", "controversial", "(", "11", ",", "21", ",", "22", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphangi", "##ogenesis", "in", "kidney", "transplants", "(", "23", "–", "26", ")", "has", "been", "associated", "with", "promoting", "resolution", "of", "inflammation", "and", "improving", "allograft", "function", "(", "27", "–", "29", ")", "but", "also", ...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "contrasting", "findings", "underscore", "the", "need", "to", "better", "understand", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplant", "rejection", "and", "how", "it", "diverg", "##es", "from", "other", "kidney", "pathologies", "featuring", "lymphangi", "##og...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "here", ",", "we", "used", "3d", "microscopy", "of", "optically", "cleared", "and", "immunolabeled", "tissue", ",", "in", "addition", "to", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "identified", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "capillaries", "around", "cortical", "nephron", "segments", ",", "with", "a", "distinc", "t", "molecular", "signature", "compared", "with", "lec", "##s", "from", "other", "organs", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "vessels", "expanded", "into", "the", "medulla", "and", "were", "structurally", "disor", "gan", "##ized", ",", "with", "disrup", "ted", "lec", "-", "cell", "junctions", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "this", "setting", ",", "lymphatic", "##s", "surrounded", "tertiary", "lymphoid", "structures", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "our", "molecular", "analyses", "suggest", "that", "lec", "##s", "are", "toler", "##ogenic", "and", "respond", "to", "t", "cell", "–", "derived", "ifn", "-", "γ", "by", "upregulating", "immune", "-", "inhibitory", "molecules", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "critically", ",", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", "also", "expressed", "hla", "class", "ii", "and", "exhibited", "complement", "4d", "(", "c4", "##d", ")", "deposition", ",", "indicative", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", ...

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "our", "findings", "revealed", "that", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "chronic", "rejection", "adopt", "potentially", "compensatory", "toler", "##ogenic", "changes", "but", "are", "concurrently", "structurally", "perturbed", ",", "better", "definin...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "characterize", "lymphatic", "architecture", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "we", "analyzed", "tissue", "samples", "from", "4", "deceased", "organ", "donors", "with", "minimal", "c...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "intact", "tissue", "samples", "(", "<", "3", "mm", ")", "were", "immunolabeled", "using", "a", "d2", "-", "40", "monoclonal", "antibod", "y", "targeting", "pod", "##opl", "##anin", "(", "pd", "##pn", ")", "(", "37", ")", "and", "imaged", "using", "con...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "pd", "##pn", "vessel", "networks", "were", "visualized", "in", "the", "human", "kidney", "cortex", "(", "figure", "1a", "and", "supplemental", "video", "1", ")", ",", "and", "antibod", "y", "-", "omitted", "controls", "displayed", "minimal", "autofluorescence...

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mapping", "vessel", "radius", "revealed", "a", "hierarchical", "network", ",", "with", "small", "lymphatic", "##s", "(", "radius", "~", "3", ".", "5", "μm", ")", "initiating", "in", "the", "cortex", "and", "converging", "into", "larger", "vessels", "(", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "...

[ "the", "cells", "lining", "these", "vessels", "expressed", "prosp", "##ero", "homeobox", "protein", "1", "(", "prox", "##1", ")", "(", "figure", "1c", ")", ",", "a", "canonical", "lec", "transcription", "factor", "(", "39", ",", "40", ")", "but", "showed...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "elucidate", "the", "micro", "##anat", "##omical", "localization", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", ",", "auto", "##fluores", "##cent", "tissue", "signals", "were", "captur...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "large", "cal", "##iber", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "adjacent", "to", "arteries", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "branching", "into", "smaller", "cortical", "vessels", "(", "supplemental", "video", "2", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "col", "##abe", "##ling", "with", "lot", "##us", "tetra", "##go", "##no", "##lo", "##bus", "lectin", "(", "lt", "##l", ",", "proximal", "tubules", ")", "and", "uro", "##mod", "##ulin", "(", "um", "##od", ",", "loop", "of", "hen", "##le", ")", "revealed...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "despite", "previous", "reports", "of", "subc", "##aps", "##ular", "lymphatic", "##s", "(", "42", ",", "43", ")", ",", "these", "were", "not", "detected", "in", "3d", "reconstructions", "(", "figure", "1g", ")", "or", "optical", "z", "-", "sections", "("...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "in", "the", "cortex", ",", "lymphatic", "##s", "followed", "ua", "##e", "-", "i", "arterioles", "toward", "glomeruli", "(", "figure", "1h", ")", ",", "extending", "terminal", "branches", "near", "mega", "##lin", "(", "lrp", "##2", ")", "proximal", "tubule...

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...

[ "lymphatic", "##s", "converge", "##d", "toward", "the", "kidney", "hil", "##um", ",", "adjacent", "to", "medullary", "dol", "##ich", "##os", "bif", "##lor", "##us", "agglutin", "##in", "(", "dba", ")", "collecting", "ducts", "(", "figure", "1k", ")", "and"...

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "a", "model", "summarizing", "these", "findings", "is", "presented", "in", "figure", "1", "l", ".", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "because", "of", "the", "rarity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", "relati...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Cel...

[ "to", "sur", "##mo", "##unt", "this", ",", "we", "lever", "##aged", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "59", "kidneys", ",", "supplemented", "with", "5", "new", "samples", "(", "supplemental", "figure", "2a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "integrated", "dataset", "comprised", "217", ",", "411", "human", "kidney", "cells", ",", "with", "151", ",", "038", "control", "samples", "(", "living", "donor", "biopsies", "or", "unaffected", "regions", "of", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "#...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType"...

[ "all", "cell", "types", "were", "manually", "annotate", "d", "(", "supplemental", "figure", "2c", ")", ",", "revealing", "38", "clusters", "(", "figure", "2a", ")", ",", "including", "a", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "cluster", "containing", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "from", "control", "samples", ",", "we", "curate", "d", "a", "transcriptional", "signature", "of", "healthy", "kidney", "lymphatic", "##s", "(", "supplemental", "data", "1", ")", ",", "comprising", "22...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Cel...

[ "these", "genes", "were", "enriched", "for", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "terms", "associated", "with", "lymphatic", "fate", "commitment", "(", "go", ":", "006", "##08", "##38", ",", "fold", "-", "enrichment", ">", "100", ",", "fdr", "=", "1", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "canonical", "lec", "markers", "were", "identified", ",", "including", "prox", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "97", ")", ",", "pd", "##pn", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "65", ")", ",", "neurop", "##ilin", "2", "(", "nr", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "also", "identified", "genes", "previously", "linked", "to", "kidney", "disease", "(", "44", "–", "46", ")", ",", "such", "as", "fatty", "acid", "binding", "protein", "4", "(", "fabp", "##4", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "69", ")", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "frequent", "use", "of", "prox", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", "to", "identify", "or", "target", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "preclinical", "studies", "(", "11", ",", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "...

[ "prox", "##1", "was", "detected", "not", "only", "in", "lec", "##s", ",", "but", "also", "in", "loop", "of", "hen", "##le", "and", "distal", "conv", "##ol", "##uted", "tubule", "clusters", "(", "figure", "2b", ")", ",", "a", "finding", "validated", "by...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "in", "contrast", "to", "mouse", "data", "(", "38", ",", "48", ")", ",", "prox", "##1", "was", "not", "detected", "in", "vas", "##a", "rect", "##a", "at", "both", "the", "transcript", "(", "figure", "2b", ")", "and", "protein", "level", "(", "figure"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ly", "##ve", "##1", ",", "meanwhile", ",", "was", "expressed", "by", "macrophages", "(", "figure", "2e", ")", "as", "reported", "in", "mouse", "(", "49", ")", "and", "human", "kidneys", "(", "50", ")", ",", "and", "it", "was", "also", "detected", "i...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tis...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "probe", "the", "phenotype", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "and", "whether", "the", "vessels", "we", "detected", "included", "smooth", "muscle", "–", "lined", "collecting", "v...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...

[ "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "both", "hil", "##um", "and", "cortex", "lacked", "smooth", "muscle", "coverage", "(", "figure", "2", ",", "g", "and", "h", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "corroborated", "this", "using", "subcl", "##uster", "##ing", "analysis", "of", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", ",", "combining", "295", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidney", "with", "157", "additional", "cells", "from", "a", "recent", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "revealed", "2", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "subcl", "##usters", "(", "figure", "2i", ")", ",", "which", "expressed", "lec", "capillary", "markers", "prox", "##1", ",", "pd", "##pn", ",", "and", "ccl2", "##1", "(", "figure", "2j", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "only", "rare", "cells", ",", "not", "specific", "for", "either", "subcl", "##uster", ",", "expressed", "molecular", "markers", "of", "lymphatic", "valve", "endothelial", "cells", ",", "gata", "##2", "and", "fox", "##c2", "(", "figure", "2j", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "differential", "expression", "analysis", "between", "the", "2", "capillary", "subcl", "##usters", "identified", "129", "degs", "(", "supplemental", "data", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "one", "subcl", "##uster", "was", "enriched", "for", "adipose", "signaling", "peptide", "neurot", "##ensin", "(", "nts", ",", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "60", ")", "(", "55", ")", ",", "and", "the", "other", "expressed", "ccl2", "(", "log", "2"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "investigate", "if", ",", "akin", "to", "their", "blood", "vascular", "counterparts", ",", "kidney", "lymphatic", "##s", "possess", "an", "organ", "-", "specific", "signature", "(", "56", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "the", "final", "dataset", "encompassed", "13", ",", "454", "lec", "##s", "from", "19", "anatomical", "sites", "(", "supplemental", "figure", "3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "resolved", "5", "transcriptionally", "distinc", "t", "subcl", "##usters", "(", "figure", "3a", "and", "supplemental", "data", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "four", "subcl", "##usters", "expressed", "lymphatic", "capillary", "markers", "ccl2", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "while", "the", "fifth", "expressed", "lymphatic", "valve", "markers", "fox", "##c2", "and", "integrin", "alpha", "9", "(", "itg", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "visceral", "organ", "–", "derived", "lec", "##s", "(", "kidney", ",", "heart", ",", "lung", ",", "intestines", ")", "were", "predominantly", "grouped", "within", "1", "subcl", "##uster", "(", "lec", "1", ")", ",", "whereas", "breast", "lymphatic", "##s", ...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue"...

[ "this", "spatial", "segregation", "was", "reflected", "in", "predicted", "transcription", "factor", "activity", "(", "supplemental", "figure", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "comparative", "analysis", "(", "supplemental", "data", "4", ")", "identified", "118", "degs", "upregulated", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "other", "organs", "(", "figure", "3c", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "top", "kidney", "lymphatic", "-", "enriched", "genes", "included", "dnase", "##1l", "##3", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "77", ",", "p", "=", "3", ".", "24", "×", "10", ")", ",", "the", "chemok", "ine", "ccl", "##14", "(", "log", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "most", "of", "these", "genes", "were", "also", "expressed", "by", "blood", "endoth", "##elia", "in", "the", "kidney", ",", "whereas", "a2", "##m", "was", "also", "expressed", "by", "stromal", "cells", "(", "supplemental", "figure", "3d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "among", "the", "251", "degs", "with", "lower", "expression", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "those", "from", "other", "organs", "(", "figure", "3d", ")", "were", "ly", "##ve", "##1", "and", "the", "major", "neutrophil", "chemoat", "trac...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "conversely", ",", "lec", "##s", "in", "these", "visceral", "organs", "expressed", "the", "alarm", "##in", "cytokine", "il", "##33", "(", "66", ")", ",", "which", "was", "reduced", "in", "lymphatic", "##s", "of", "the", "skin", "and", "breast", "(", "fig...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "provide", "pathological", "context", "to", "the", "kidney", "lymphatic", "degs", ",", "we", "examined", "their", "expression", "in", "neph", "##rose", "##q", ",", "a", "gene", "expression", "dat...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dnase", "##1l", "##3", "was", "significantly", "upregulated", "in", "the", "tubul", "##o", "interstitium", "of", "patients", "with", "lupus", "nephritis", "(", "n", "=", "31", ")", "compared", "with", "controls", "(", "n", "=", "8", ",", "mean", "differen...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "conversely", ",", "md", "##k", "was", "significantly", "upregulated", "in", "several", "inflammatory", "and", "metabolic", "kidney", "diseases", ",", "except", "for", "minimal", "change", "disease", "(", "figure", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "collectively", ",", "our", "analyses", "demonstrated", "that", "kidney", "lec", "##s", "have", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "profile", ",", "enriched", "for", "dnase", "##1l", "##3", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphangi", "##ogenesis", "has", "been", "observed", "during", "transplant", "rejection", "in", "both", "rodent", "models", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "67", ")", "and", "humans", "(", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "to", "investigate", "this", "in", "the", "human", "context", ",", "we", "profiled", "kidney", "transplants", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "a", "setting", "in", "which", "both", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "and", "t", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-C...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "analyzed", "3", "allografts", "with", "histological", "features", "consistent", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "including", "t", "cell", "–", "and", "antibod", "y", "-", "mediated",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "the", "lymphatic", "vascular", "network", "exhibited", "marked", "disor", "gan", "##ization", ",", "with", "loss", "of", "the", "hierarchical", "structure", "observed", "in", "controls", "(", "figure", "4a", ")", "....

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "quantitative", "analysis", "revealed", "a", "7", "-", "fold", "increase", "in", "mean", "lymphatic", "vessel", "density", "(", "95", ".", "12", "±", "49", ".", "21", "vs", ".", "690", ".", "3", "±", "121", ".", "6", "vessels", "/", "mm", ",", "p",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "notably", ",", "lymphatic", "vessels", "also", "infiltrated", "the", "allograft", "medulla", ",", "a", "region", "devoid", "of", "lymphatic", "##s", "in", "healthy", "kidneys", "(", "figure", "4", ",", "c", "and", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lec", "-", "cell", "junctions", "are", "key", "regulators", "of", "immune", "cell", "trafficking", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "homeostasis", ",", "these", "junctions", "form", "discontinuous", "“", "button", "-", "like", "”", "structures", "that", "facilitate", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", ",", "whereas", "during", "chronic", "inflammation", ",", "they", "tra...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "given", "the", "accumulation", "of", "infiltrating", "lymphocytes", "in", "chronically", "reject", "##ing", "grafts", "(", "71", "–", "73", ")", ",", "we", "hypothesized", "that", "altered", "lymphatic", "junctional", "architecture", "might", "be", "a", "featur...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "assess", "this", ",", "we", "immunostained", "for", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "cdh", "##5", ")", ",", "a", "key", "component", "of", "endothelial", "junctions", "(", "supplemental", "video", "7", ")", ",", "and", "used", "pd", "##p...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "...

[ "discontinuous", "cdh", "##5", "lec", "junctions", "were", "quantified", "in", "both", "control", "(", "figure", "4e", ")", "and", "chronic", "rejection", "(", "figure", "4f", ")", "samples", ",", "and", "values", "were", "normalized", "to", "total", "lympha...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "observed", "a", "reduction", "in", "disconn", "##ected", "(", "button", "-", "like", ")", "junctions", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "4h", ",", "mean", "difference", "=", "2", ".", "7", "×", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "structural", "perturbation", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "next", "examined", "their", "spatial", "relationship", "to", "organized"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "hallmark", "of", "allo", "##immun", "##ity", "is", "the", "formation", "of", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", "##s", ")", ",", "ectopic", "lymph", "node", "–", "like", "aggregation", "##s", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O",...

[ "tls", "##s", "facilitate", "local", "antigen", "presentation", "and", "lymphocyte", "activation", ",", "and", "they", "have", "been", "associated", "with", "progressive", "graft", "injury", "and", "dysfunction", "(", "74", "–", "79", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "using", "tripl", "e", "immunolabeling", ",", "we", "found", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "close", "to", "cd4", "t", "cell", "–", "and", "cd20", "b", "cell", "–", "rich", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I...

[ "to", "assess", "the", "relationship", "between", "lymphatic", "##s", "and", "tls", "maturation", ",", "we", "examined", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd2", "##1", "follicular", "dcs", "and", "peripheral", "lymph", "node", "address", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", ...

[ "the", "lymphatic", "network", "in", "reject", "##ing", "allografts", "interconnected", "multiple", "mature", "tls", "##s", "containing", "hev", "##s", "(", "figure", "5b", "and", "supplemental", "video", "8", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "such", "connections", "were", "not", "detected", "between", "cd31", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "5a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "spatiotemporal", "analysis", "revealed", "that", "all", "identified", "tls", "##s", "were", "near", "lymphatic", "vessels", "(", "figure", "5c", ")", "(", "n", "=", "9", "/", "9", ",", "100", "%", ")", ",", "whereas", "only", "half", "contained", "hev",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "in", "mature", "tls", "##s", "with", "hev", "##s", ",", "pd", "##pn", "lec", "##s", "were", "significantly", "closer", "to", "the", "tls", "core", "than", "hev", "##s", "(", "figure", "5d", ",", "mean", "distance", "=", "49", ".", "53", "±", "23", ...

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "explore", "lymphatic", "-", "lymphocyte", "relationships", "beyond", "defined", "tls", "regions", ",", "we", "performed", "3d", "imaging", "and", "spatial", "quantification", "of", "pd", "##pn", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType...

[ "intraluminal", "cd20", "b", "cell", "density", "was", "reduced", "by", "half", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "6c", ")", ",", "although", "total", "b", "cell", "numbers", "were", "equivocal", ",", "sugg...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "in", "contrast", ",", "total", "intraluminal", "cd4", "t", "cells", "increased", "in", "reject", "##ing", "kidneys", ",", "with", "a", "3", "-", "fold", "increase", "in", "cd4", "t", "cell", "density", "(", "figure", "6d", ")", "relative", "to", "contro...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "further", "assess", "how", "lymphocyte", "position", "relative", "to", "lymphatic", "##s", "is", "altered", "in", "rejection", ",", "we", "performed", "spatial", "statistical", "analysis", ",", "b...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "cd20", "b", "cells", "showed", "no", "significant", "spatial", "association", "with", "lymphatic", "##s", "in", "either", "control", "kidneys", "(", "n", "=", "70", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "63", "##1", ")", "or", "reject", "##ing", "a...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O...

[ "however", ",", "cd4", "t", "cells", "(", "n", "=", "2", ",", "149", "cells", "across", "2", "controls", ")", "had", "a", "peak", "distribution", "within", "0", "–", "100", "μm", "from", "the", "nearest", "lymphatic", "vessel", "and", "were", "signific...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O...

[ "this", "association", "was", "lost", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "4", ",", "382", "cells", ",", "p", "=", "0", ".", "69", "##9", ")", "(", "figure", "6h", ")", ",", "indicating", "disrup", "ted", "t", "cell", "–", "lympha...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "having", "established", "that", "lymphatic", "##s", "are", "structurally", "perturbed", "and", "spatially", "associated", "with", "immune", "aggregates", "in", "chronic", "rejection", ",", "we", "next", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...