README.md

metadata

dataset_info:
  features:
    - name: smiles
      dtype: string
    - name: canonsmiles
      dtype: string
    - name: isSmilesEqual
      dtype: bool
    - name: generic_scaffold
      dtype: string
    - name: scaffold
      dtype: string
    - name: rdkit_WT
      dtype: float64
    - name: rdkit_MR
      dtype: float64
    - name: rdkit_LogP
      dtype: float64
    - name: rdkit_HA
      dtype: float64
    - name: rdkit_HD
      dtype: float64
    - name: rdkit_NumAtoms
      dtype: float64
    - name: rdkit_TPSA
      dtype: float64
configs:
  - config_name: default
    data_files:
      - split: train
        path: train/*/*.arrow
      - split: test
        path: test/*/*.arrow
  - config_name: cls
    data_files:
      - split: train
        path: train/cls/*.arrow
      - split: test
        path: test/cls/*.arrow
  - config_name: cno
    data_files:
      - split: train
        path: train/cno/*.arrow
      - split: test
        path: test/cno/*.arrow
  - config_name: cn
    data_files:
      - split: train
        path: train/cn/*.arrow
      - split: test
        path: test/cn/*.arrow
  - config_name: co
    data_files:
      - split: train
        path: train/co/*.arrow
      - split: test
        path: test/co/*.arrow
  - config_name: g
    data_files:
      - split: train
        path: train/g/*.arrow
      - split: test
        path: test/g/*.arrow
  - config_name: sk
    data_files:
      - split: train
        path: train/sk/*.arrow
      - split: test
        path: test/sk/*.arrow
task_categories:
  - text-generation
  - text2text-generation
  - feature-extraction
tags:
  - chemistry
size_categories:
  - 1B<n<10B

GDB13

Info

dataset com aproximadamente 2 bilhões de moleculas de 13 atomos com 7 por heuristica com rdkit usado para testes de geração condicional baseada nas propriedades ou predição destas.

Foi retirado as informações de posição atomica (grafos) e mantido apenas smiles como informação estrutural

Colunas

• smiles: smiles presente no dataset original
• canonsmiles: smiles canonizado no rdkit
• isSmilesEqual: se smiles riginal é canonico
• scaffold: scaffold baseado nas regras de Murck
• generic_scaffold: scaffold mantendo apenas lig simples e padronizando todos atomos para carbono
• rdkit_WT: massa molar (obtida com rdkit)
• rdkit_MR: refratividade molar (obtida com rdkit)
• rdkit_LogP: logP (obtida com rdkit)
• rdkit_HA: numero de aceptores de Hidrogenio (obtida com rdkit)
• rdkit_HD: numero de doadores de Hidrogenio (obtida com rdkit)
• rdkit_NumAtoms: numero de atomos na molecula (obtida com rdkit)
• rdkit_TPSA: topological polar surface area (obtida com rdkit)