disi-unibo-nlp/ncbi · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 123	ner_tags listlengths 2 123
[ "The", "discovery", "of", "the", "FRDA", "gene", "and", "its", "possible", "function", "has", "raised", "hope", "that", "rational", "therapeutic", "strategies", "will", "be", "developed", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "X", "-", "linked", "retinoschisis", "with", "point", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "BACKGROUND", "X", "-", "linked", "retinoschisis", "(", "XLRS", ")", "is", "a", "relatively", "rare", "vitreoretinal", "dystrophy", "that", "causes", "visual", "loss", "in", "young", "men", "." ]	[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recently", ",", "a", "gene", "responsible", "for", "this", "disease", ",", "designated", "XLRS1", ",", "was", "identified", ",", "and", "several", "deleterious", "gene", "mutations", "were", "reported", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "OBJECTIVE", "To", "analyze", "Japanese", "patients", "clinically", "diagnosed", "as", "having", "XLRS", "formutational", "changes", "in", "the", "XLRS1", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "METHODS", "Ten", "patients", "with", "XLRS", "underwent", "full", "ophthalmologic", "examination", ",", "including", "slitlamp", "biomicroscopy", "and", "dilated", "funduscopy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Genomic", "DNA", "was", "isolated", "from", "leukocytes", ",", "and", "all", "exons", "of", "the", "XLRS1", "gene", "were", "amplified", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "and", "analyzed", "using", "a", "direct", "sequencing", "method", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "RESULTS", "Point", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "were", "identified", "in", "all", "10", "patients", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "mutations", "were", "identical", "in", "each", "of", "2", "pairs", "of", "brothers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Six", "of", "the", "point", "mutations", "represented", "missense", "mutations", ",", "1", "was", "a", "nonsense", "mutation", ",", "and", "1", "was", "a", "frameshift", "mutation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Five", "of", "the", "mutations", "are", "newly", "reported", "herein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CONCLUSIONS", "The", "discovery", "of", "new", "point", "mutations", "in", "this", "study", "increases", "the", "available", "information", "regarding", "the", "spectrum", "of", "genetic", "abnormalities", "and", "clinical", "manifestations", "of", "XLRS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]
[ "However", ",", "the", "limited", "data", "failed", "to", "reveal", "a", "correlation", "between", "mutation", "and", "disease", "phenotype", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CLINICAL", "RELEVANCE", "Identification", "of", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "and", "expanded", "information", "on", "clinical", "manifestations", "will", "facilitate", "early", "diagnosis", ",", "appropriate", "early", "therapy", ",", "and", "genetic", "counseling", "regarding", "the", "prognosis", "of", "XLRS", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Atm", "and", "Bax", "cooperate", "in", "ionizing", "radiation", "-", "induced", "apoptosis", "in", "the", "central", "nervous", "system", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ataxia", "-", "telangiectasia", "is", "a", "hereditary", "multisystemic", "disease", "resulting", "from", "mutations", "of", "ataxia", "telangiectasia", ",", "mutated", "(", "ATM", ")", "and", "is", "characterized", "by", "neurodegeneration", ",", "cancer", ",", "immune", "defects", ",", "and", "hypersensitivity", "to", "ionizing", "radiation", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "The", "molecular", "details", "of", "ATM", "function", "in", "the", "nervous", "system", "are", "unclear", ",", "although", "the", "neurological", "lesion", "in", "ataxia", "-", "telangiectasia", "becomes", "apparent", "early", "in", "life", ",", "suggesting", "a", "developmental", "origin", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "of", "Atm", "-", "null", "mice", "shows", "a", "pronounced", "defect", "in", "apoptosis", "induced", "by", "genotoxic", "stress", ",", "suggesting", "ATM", "functions", "to", "eliminate", "neurons", "with", "excessive", "genomic", "damage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "report", "that", "the", "death", "effector", "Bax", "is", "required", "for", "a", "large", "proportion", "of", "Atm", "-", "dependent", "apoptosis", "in", "the", "developing", "CNS", "after", "ionizing", "radiation", "(", "IR", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "many", "of", "the", "same", "regions", "of", "the", "CNS", "in", "both", "Bax", "-", "/", "-", "and", "Atm", "-", "/", "-", "mice", "were", "radioresistant", ",", "mice", "nullizygous", "for", "both", "Bax", "and", "Atm", "showed", "additional", "reduction", "in", "IR", "-", "induced", "apoptosis", "in", "the", "CNS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "although", "the", "major", "IR", "-", "induced", "apoptotic", "pathway", "in", "the", "CNS", "requires", "Atm", "and", "Bax", ",", "a", "p53", "-", "dependent", "collateral", "pathway", "exists", "that", "has", "both", "Atm", "-", "and", "Bax", "-", "independent", "branches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", ",", "Atm", "-", "and", "Bax", "-", "dependent", "apoptosis", "in", "the", "CNS", "also", "required", "caspase", "-", "3", "activation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "data", "implicate", "Bax", "and", "caspase", "-", "3", "as", "death", "effectors", "in", "neurodegenerative", "pathways", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Haim", "-", "Munk", "syndrome", "and", "Papillon", "-", "Lefevre", "syndrome", "are", "allelic", "mutations", "in", "cathepsin", "C", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "the", "many", "palmoplantar", "keratoderma", "(", "PPK", ")", "conditions", ",", "only", "Papillon", "-", "Lefevre", "syndrome", "(", "PLS", ")", "and", "Haim", "-", "Munk", "syndrome", "(", "HMS", ")", "are", "associated", "with", "premature", "periodontal", "destruction", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "both", "PLS", "and", "HMS", "share", "the", "cardinal", "features", "of", "PPK", "and", "severe", "periodontitis", ",", "a", "number", "of", "additional", "findings", "are", "reported", "in", "HMS", "including", "arachnodactyly", ",", "acro", "-", "osteolysis", ",", "atrophic", "changes", "of", "the", "nails", ",", "and", "a", "radiographic", "deformity", "of", "the", "fingers", "." ]	[ "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "While", "PLS", "cases", "have", "been", "identified", "throughout", "the", "world", ",", "HMS", "has", "only", "been", "described", "among", "descendants", "of", "a", "religious", "isolate", "originally", "from", "Cochin", ",", "India", "." ]	[ "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Parental", "consanguinity", "is", "a", "characteristic", "of", "many", "cases", "of", "both", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "autosomal", "recessive", "transmission", "of", "PLS", "is", "evident", ",", "a", "more", "\"", "complex", "\"", "autosomal", "recessive", "pattern", "of", "inheritance", "with", "phenotypic", "influences", "from", "a", "closely", "linked", "modifying", "locus", "has", "been", "hypothesised", "for", "HMS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]
[ "Recently", ",", "mutations", "of", "the", "cathepsin", "C", "gene", "have", "been", "identified", "as", "the", "underlying", "genetic", "defect", "in", "PLS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O" ]
[ "To", "determine", "if", "a", "cathepsin", "C", "mutation", "is", "also", "responsible", "for", "HMS", ",", "we", "sequenced", "the", "gene", "in", "affected", "and", "unaffected", "subjects", "from", "the", "Cochin", "isolate", "in", "which", "both", "the", "PLS", "and", "HMS", "phenotypes", "appear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O" ]
[ "Here", "we", "report", "identification", "of", "a", "mutation", "of", "cathepsin", "C", "(", "exon", "6", ",", "2127A", "-", "-", ">", "G", ")", "that", "changes", "a", "highly", "conserved", "amino", "acid", "in", "the", "cathepsin", "C", "peptide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "mutation", "segregates", "with", "HMS", "in", "four", "nuclear", "families", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "the", "existence", "of", "a", "shared", "common", "haplotype", "for", "genetic", "loci", "flanking", "the", "cathepsin", "C", "gene", "suggests", "that", "affected", "subjects", "descended", "from", "the", "Cochin", "isolate", "are", "homozygous", "for", "a", "mutation", "inherited", "\"", "identical", "by", "descent", "\"", "from", "a", "common", "ancestor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "finding", "supports", "simple", "autosomal", "recessive", "inheritance", "for", "HMS", "in", "these", "families", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "also", "report", "a", "mutation", "of", "the", "same", "exon", "6", "CTSC", "codon", "(", "2126C", "-", "-", ">", "T", ")", "in", "a", "Turkish", "family", "with", "classical", "PLS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]
[ "These", "findings", "provide", "evidence", "that", "PLS", "and", "HMS", "are", "allelic", "variants", "of", "cathepsin", "C", "gene", "mutations", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ATM", "-", "heterozygous", "germline", "mutations", "contribute", "to", "breast", "cancer", "-", "susceptibility", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O" ]
[ "Approximately", "0", "." ]	[ "O", "O", "O" ]
[ "5", "%", "-", "1", "%", "of", "the", "general", "population", "has", "been", "estimated", "to", "be", "heterozygous", "for", "a", "germline", "mutation", "in", "the", "ATM", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mutations", "in", "the", "ATM", "gene", "are", "responsible", "for", "the", "autosomal", "recessive", "disorder", "ataxia", "-", "telangiectasia", "(", "A", "-", "T", ")", "(", "MIM", "208900", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "finding", "that", "ATM", "-", "heterozygotes", "have", "an", "increased", "relative", "risk", "for", "breast", "cancer", "was", "supported", "by", "some", "studies", "but", "not", "confirmed", "by", "others", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "view", "of", "this", "discrepancy", ",", "we", "examined", "the", "frequency", "of", "ATM", "germline", "mutations", "in", "a", "selected", "group", "of", "Dutch", "patients", "with", "breast", "cancer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "We", "have", "analyzed", "ATM", "germline", "mutations", "in", "normal", "blood", "lymphocytes", ",", "using", "the", "protein", "-", "truncation", "test", "followed", "by", "genomic", "-", "sequence", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "high", "percentage", "of", "ATM", "germline", "mutations", "was", "demonstrated", "among", "patients", "with", "sporadic", "breast", "cancer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "The", "82", "patients", "included", "in", "this", "study", "had", "developed", "breast", "cancer", "at", "age", "<", "45", "and", "had", "survived", ">", "/", "=", "5", "years", "(", "mean", "15", "years", ")", ",", "and", "in", "33", "(", "40", "%", ")", "of", "the", "patients", "a", "contralateral", "breast", "tumor", "had", "been", "diagnosed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Among", "these", "patients", "we", "identified", "seven", "(", "8", ".", "5", "%", ")", "ATM", "germline", "mutations", ",", "of", "which", "five", "are", "distinct", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "One", "splice", "-", "site", "mutation", "(", "IVS10", "-", "6T", "-", "-", ">", "G", ")", "was", "detected", "three", "times", "in", "our", "series", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Four", "heterozygous", "carriers", "were", "patients", "with", "bilateral", "breast", "cancer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "results", "indicate", "that", "the", "mutations", "identified", "in", "this", "study", "are", "\"", "A", "-", "T", "disease", "-", "causing", "\"", "mutations", "that", "might", "be", "associated", "with", "an", "increased", "risk", "of", "breast", "cancer", "in", "heterozygotes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "conclude", "that", "ATM", "heterozygotes", "have", "an", "approximately", "ninefold", "-", "increased", "risk", "of", "developing", "a", "type", "of", "breast", "cancer", "characterized", "by", "frequent", "bilateral", "occurrence", ",", "early", "age", "at", "onset", ",", "and", "long", "-", "term", "survival", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "specific", "characteristics", "of", "our", "population", "of", "patients", "may", "explain", "why", "such", "a", "high", "frequency", "was", "not", "found", "in", "other", "series", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Human", "mutations", "in", "glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "reflect", "evolutionary", "history", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "(", "G6PD", ")", "is", "a", "cytosolic", "enzyme", "encoded", "by", "a", "housekeeping", "X", "-", "linked", "gene", "whose", "main", "function", "is", "to", "produce", "NADPH", ",", "a", "key", "electron", "donor", "in", "the", "defense", "against", "oxidizing", "agents", "and", "in", "reductive", "biosynthetic", "reactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Inherited", "G6PD", "deficiency", "is", "associated", "with", "either", "episodic", "hemolytic", "anemia", "(", "triggered", "by", "fava", "beans", "or", "other", "agents", ")", "or", "life", "-", "long", "hemolytic", "anemia", "." ]	[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "We", "show", "here", "that", "an", "evolutionary", "analysis", "is", "a", "key", "to", "understanding", "the", "biology", "of", "a", "housekeeping", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "From", "the", "alignment", "of", "the", "amino", "acid", "(", "aa", ")", "sequence", "of", "52", "glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "(", "G6PD", ")", "species", "from", "42", "different", "organisms", ",", "we", "found", "a", "striking", "correlation", "between", "the", "aa", "replacements", "that", "cause", "G6PD", "deficiency", "in", "humans", "and", "the", "sequence", "conservation", "of", "G6PD", "two", "-", "thirds", "of", "such", "replacements", "are", "in", "highly", "and", "moderately", "conserved", "(", "50", "-", "99", "%", ")", "aa", ";", "relatively", "few", "are", "in", "fully", "conserved", "aa", "(", "where", "they", "might", "be", "lethal", ")", "or", "in", "poorly", "conserved", "aa", ",", "where", "presumably", "they", "simply", "would", "not", "cause", "G6PD", "deficiency", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "This", "is", "consistent", "with", "the", "notion", "that", "all", "human", "mutants", "have", "residual", "enzyme", "activity", "and", "that", "null", "mutations", "are", "lethal", "at", "some", "stage", "of", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Comparing", "the", "distribution", "of", "mutations", "in", "a", "human", "housekeeping", "gene", "with", "evolutionary", "conservation", "is", "a", "useful", "tool", "for", "pinpointing", "amino", "acid", "residues", "important", "for", "the", "stability", "or", "the", "function", "of", "the", "corresponding", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "view", "of", "the", "current", "explosive", "increase", "in", "full", "genome", "sequencing", "projects", ",", "this", "tool", "will", "become", "rapidly", "available", "for", "numerous", "other", "genes", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Constitutive", "and", "regulated", "modes", "of", "splicing", "produce", "six", "major", "myotonic", "dystrophy", "protein", "kinase", "(", "DMPK", ")", "isoforms", "with", "distinct", "properties", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Myotonic", "dystrophy", "(", "DM", ")", "is", "the", "most", "prevalent", "inherited", "neuromuscular", "disease", "in", "adults", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O" ]
[ "The", "genetic", "defect", "is", "a", "CTG", "triplet", "repeat", "expansion", "in", "the", "3", "-", "untranslated", "region", "of", "the", "myotonic", "dystrophy", "protein", "kinase", "(", "DMPK", ")", "gene", ",", "consisting", "of", "15", "exons", "." ]	[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Using", "a", "transgenic", "DMPK", "-", "overexpressor", "mouse", "model", ",", "we", "demonstrate", "here", "that", "the", "endogenous", "mouse", "DMPK", "gene", "and", "the", "human", "DMPK", "transgene", "produce", "six", "major", "alternatively", "spliced", "mRNAs", "which", "have", "almost", "identical", "cell", "type", "-", "dependent", "distribution", "frequencies", "and", "expression", "patterns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Use", "of", "a", "cryptic", "5", "splice", "site", "in", "exon", "8", ",", "which", "results", "in", "absence", "or", "presence", "of", "15", "nucleotides", "specifying", "a", "VSGGG", "peptide", "motif", ",", "and", "/", "or", "use", "of", "a", "cryptic", "3", "splice", "site", "in", "exon", "14", ",", "which", "leads", "to", "a", "frameshift", "in", "the", "mRNA", "reading", "frame", ",", "occur", "as", "independent", "stochastic", "events", "in", "all", "tissues", "examined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "the", "excision", "of", "exons", "13", "/", "14", "that", "causes", "a", "frameshift", "and", "creates", "a", "C", "-", "terminally", "truncated", "protein", "is", "clearly", "cell", "type", "dependent", "and", "occurs", "predominantly", "in", "smooth", "muscle", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "generated", "all", "six", "full", "-", "length", "mouse", "cDNAs", "that", "result", "from", "combinations", "of", "these", "three", "major", "splicing", "events", "and", "show", "that", "their", "transfection", "into", "cells", "in", "culture", "leads", "to", "production", "of", "four", "different", "approximately", "74", "kDa", "full", "-", "length", "(", "heart", "-", ",", "skeletal", "muscle", "-", "or", "brain", "-", "specific", ")", "and", "two", "C", "-", "terminally", "truncated", "approximately", "68", "kDa", "(", "smooth", "muscle", "-", "specific", ")", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Information", "on", "DMPK", "mRNA", "and", "protein", "isoform", "expression", "patterns", "will", "be", "useful", "for", "recognizing", "differential", "effects", "of", "(", "CTG", ")", "(", "n", ")", "expansion", "in", "DM", "manifestation", ".", "." ]	[ "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Genetic", "analysis", ",", "phenotypic", "diagnosis", ",", "and", "risk", "of", "venous", "thrombosis", "in", "families", "with", "inherited", "deficiencies", "of", "protein", "S", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "Protein", "S", "deficiency", "is", "a", "recognized", "risk", "factor", "for", "venous", "thrombosis", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "Of", "all", "the", "inherited", "thrombophilic", "conditions", ",", "it", "remains", "the", "most", "difficult", "to", "diagnose", "because", "of", "phenotypic", "variability", ",", "which", "can", "lead", "to", "inconclusive", "results", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "overcome", "this", "problem", "by", "studying", "a", "cohort", "of", "patients", "from", "a", "single", "center", "where", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", "at", "the", "genetic", "level", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Twenty", "-", "eight", "index", "patients", "with", "protein", "S", "deficiency", "and", "a", "PROS1", "gene", "defect", "were", "studied", ",", "together", "with", "109", "first", "-", "degree", "relatives", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "avoid", "selection", "bias", ",", "we", "confined", "analysis", "of", "total", "and", "free", "protein", "S", "levels", "and", "thrombotic", "risk", "to", "the", "patients", "relatives", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "group", "of", "relatives", ",", "a", "low", "free", "protein", "S", "level", "was", "the", "most", "reliable", "predictor", "of", "a", "PROS1", "gene", "defect", "(", "sensitivity", "97", ".", "7", "%", ",", "specificity", "100", "%", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", "-", "degree", "relatives", "with", "a", "PROS1", "gene", "defect", "had", "a", "5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]
[ "0", "-", "fold", "higher", "risk", "of", "thrombosis", "(", "95", "%", "confidence", "interval", ",", "1", ".", "5", "-", "16", ".", "8", ")", "than", "those", "with", "a", "normal", "PROS1", "gene", "and", "no", "other", "recognized", "thrombophilic", "defect", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]
[ "Although", "pregnancy", "/", "puerperium", "and", "immobility", "/", "trauma", "were", "important", "precipitating", "factors", "for", "thrombosis", ",", "almost", "half", "of", "the", "events", "were", "spontaneous", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Relatives", "with", "splice", "-", "site", "or", "major", "structural", "defects", "in", "the", "PROS1", "gene", "were", "more", "likely", "to", "have", "had", "a", "thrombotic", "event", "and", "had", "significantly", "lower", "total", "and", "free", "protein", "S", "levels", "than", "those", "relatives", "having", "missense", "mutations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "conclude", "that", "persons", "with", "PROS1", "gene", "defects", "and", "protein", "S", "deficiency", "are", "at", "increased", "risk", "of", "thrombosis", "and", "that", "free", "protein", "S", "estimation", "offers", "the", "most", "reliable", "way", "of", "diagnosing", "the", "deficiency", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "Blood", ".", "2000", ";", "95", "1935", "-", "1941", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Autoimmune", "lymphoproliferative", "syndrome", "(", "ALPS", ")", "in", "a", "child", "from", "consanguineous", "parents", ":", "a", "dominant", "or", "recessive", "disease", "?" ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Autoimmune", "lymphoproliferative", "syndrome", "(", "ALPS", ")", "is", "characterized", "by", "autoimmune", "features", "and", "lymphoproliferations", "and", "is", "generally", "caused", "by", "defective", "Fas", "-", "mediated", "apoptosis", "." ]	[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "report", "describes", "a", "child", "with", "clinical", "features", "of", "ALPS", "without", "detectable", "Fas", "expression", "on", "freshly", "isolated", "blood", "leukocytes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Detection", "of", "FAS", "transcripts", "via", "real", "-", "time", "quantitative", "PCR", "made", "a", "severe", "transcriptional", "defect", "unlikely", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Sequencing", "of", "the", "FAS", "gene", "revealed", "a", "20", "-", "nucleotide", "duplication", "in", "the", "last", "exon", "affecting", "the", "cytoplasmic", "signaling", "domain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "patient", "was", "homozygous", "for", "this", "mutation", ",", "whereas", "the", "consanguineous", "parents", "and", "the", "siblings", "were", "heterozygous", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "patient", "reported", "here", "is", "a", "human", "homologue", "of", "the", "Fas", "-", "null", "mouse", ",", "inasmuch", "as", "she", "carries", "an", "autosomal", "homozygous", "mutation", "in", "the", "FAS", "gene", "and", "she", "shows", "the", "severe", "and", "accelerated", "ALPS", "phenotype", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O" ]
[ "The", "heterozygous", "family", "members", "did", "not", "have", "the", "ALPS", "phenotype", ",", "indicating", "that", "the", "disease", "-", "causing", "FAS", "mutation", "in", "this", "family", "is", "autosomal", "recessive", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Identification", "of", "novel", "imprinted", "transcripts", "in", "the", "Prader", "-", "Willi", "syndrome", "and", "Angelman", "syndrome", "deletion", "region", ":", "further", "evidence", "for", "regional", "imprinting", "control", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Deletions", "and", "other", "abnormalities", "of", "human", "chromosome", "15q11", "-", "q13", "are", "associated", "with", "two", "developmental", "disorders", ",", "Prader", "-", "Willi", "syndrome", "(", "PWS", ")", "and", "Angelman", "syndrome", "(", "AS", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O" ]
[ "Loss", "of", "expression", "of", "imprinted", ",", "paternally", "expressed", "genes", "has", "been", "implicated", "in", "PWS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]
[ "However", ",", "the", "number", "of", "imprinted", "genes", "that", "contribute", "to", "PWS", ",", "and", "the", "range", "over", "which", "the", "imprinting", "signal", "acts", "to", "silence", "one", "copy", "of", "the", "gene", "in", "a", "parent", "-", "of", "-", "origin", "-", "specific", "manner", ",", "are", "unknown", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "identify", "additional", "imprinted", "genes", "that", "could", "contribute", "to", "the", "PWS", "phenotype", "and", "to", "understand", "the", "regional", "control", "of", "imprinting", "in", "15q11", "-", "q13", ",", "we", "have", "constructed", "an", "imprinted", "transcript", "map", "of", "the", "PWS", "-", "AS", "deletion", "interval", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "imprinting", "status", "of", "22", "expressed", "sequence", "tags", "derived", "from", "the", "radiation", "-", "hybrid", "human", "transcript", "maps", "or", "physical", "maps", "was", "determined", "in", "a", "reverse", "transcriptase", "-", "PCR", "assay", "and", "correlated", "with", "the", "position", "of", "the", "transcripts", "on", "the", "physical", "map", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Seven", "new", "paternally", "expressed", "transcripts", "localize", "to", "an", "approximately", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "5", "-", "Mb", "domain", "surrounding", "the", "SNRPN", "-", "associated", "imprinting", "center", ",", "which", "already", "includes", "four", "imprinted", ",", "paternally", "expressed", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "other", "tested", "new", "transcripts", "in", "the", "deletion", "region", "were", "expressed", "from", "both", "alleles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "domain", "of", "exclusive", "paternal", "expression", "surrounding", "the", "imprinting", "center", "suggests", "strong", "regional", "control", "of", "the", "imprinting", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "study", "provides", "the", "means", "for", "further", "investigation", "of", "additional", "genes", "that", "cause", "or", "modify", "the", "phenotypes", "associated", "with", "rearrangements", "of", "15q11", "-", "q13", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "discovery", "of", "the", "FRDA", "gene", "and", "its", "possible", "function", "has", "raised", "hope", "that", "rational", "therapeutic", "strategies", "will", "be", "developed", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "X", "-", "linked", "retinoschisis", "with", "point", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BACKGROUND", "X", "-", "linked", "retinoschisis", "(", "XLRS", ")", "is", "a", "relatively", "rare", "vitreoretinal", "dystrophy", "that", "causes", "visual", "loss", "in", "young", "men", "." ]

[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recently", ",", "a", "gene", "responsible", "for", "this", "disease", ",", "designated", "XLRS1", ",", "was", "identified", ",", "and", "several", "deleterious", "gene", "mutations", "were", "reported", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "OBJECTIVE", "To", "analyze", "Japanese", "patients", "clinically", "diagnosed", "as", "having", "XLRS", "formutational", "changes", "in", "the", "XLRS1", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "METHODS", "Ten", "patients", "with", "XLRS", "underwent", "full", "ophthalmologic", "examination", ",", "including", "slitlamp", "biomicroscopy", "and", "dilated", "funduscopy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genomic", "DNA", "was", "isolated", "from", "leukocytes", ",", "and", "all", "exons", "of", "the", "XLRS1", "gene", "were", "amplified", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "and", "analyzed", "using", "a", "direct", "sequencing", "method", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "RESULTS", "Point", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "were", "identified", "in", "all", "10", "patients", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "mutations", "were", "identical", "in", "each", "of", "2", "pairs", "of", "brothers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Six", "of", "the", "point", "mutations", "represented", "missense", "mutations", ",", "1", "was", "a", "nonsense", "mutation", ",", "and", "1", "was", "a", "frameshift", "mutation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Five", "of", "the", "mutations", "are", "newly", "reported", "herein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CONCLUSIONS", "The", "discovery", "of", "new", "point", "mutations", "in", "this", "study", "increases", "the", "available", "information", "regarding", "the", "spectrum", "of", "genetic", "abnormalities", "and", "clinical", "manifestations", "of", "XLRS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]

[ "However", ",", "the", "limited", "data", "failed", "to", "reveal", "a", "correlation", "between", "mutation", "and", "disease", "phenotype", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CLINICAL", "RELEVANCE", "Identification", "of", "mutations", "in", "the", "XLRS1", "gene", "and", "expanded", "information", "on", "clinical", "manifestations", "will", "facilitate", "early", "diagnosis", ",", "appropriate", "early", "therapy", ",", "and", "genetic", "counseling", "regarding", "the", "prognosis", "of", "XLRS", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Atm", "and", "Bax", "cooperate", "in", "ionizing", "radiation", "-", "induced", "apoptosis", "in", "the", "central", "nervous", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ataxia", "-", "telangiectasia", "is", "a", "hereditary", "multisystemic", "disease", "resulting", "from", "mutations", "of", "ataxia", "telangiectasia", ",", "mutated", "(", "ATM", ")", "and", "is", "characterized", "by", "neurodegeneration", ",", "cancer", ",", "immune", "defects", ",", "and", "hypersensitivity", "to", "ionizing", "radiation", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "The", "molecular", "details", "of", "ATM", "function", "in", "the", "nervous", "system", "are", "unclear", ",", "although", "the", "neurological", "lesion", "in", "ataxia", "-", "telangiectasia", "becomes", "apparent", "early", "in", "life", ",", "suggesting", "a", "developmental", "origin", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "of", "Atm", "-", "null", "mice", "shows", "a", "pronounced", "defect", "in", "apoptosis", "induced", "by", "genotoxic", "stress", ",", "suggesting", "ATM", "functions", "to", "eliminate", "neurons", "with", "excessive", "genomic", "damage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "report", "that", "the", "death", "effector", "Bax", "is", "required", "for", "a", "large", "proportion", "of", "Atm", "-", "dependent", "apoptosis", "in", "the", "developing", "CNS", "after", "ionizing", "radiation", "(", "IR", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "many", "of", "the", "same", "regions", "of", "the", "CNS", "in", "both", "Bax", "-", "/", "-", "and", "Atm", "-", "/", "-", "mice", "were", "radioresistant", ",", "mice", "nullizygous", "for", "both", "Bax", "and", "Atm", "showed", "additional", "reduction", "in", "IR", "-", "induced", "apoptosis", "in", "the", "CNS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "although", "the", "major", "IR", "-", "induced", "apoptotic", "pathway", "in", "the", "CNS", "requires", "Atm", "and", "Bax", ",", "a", "p53", "-", "dependent", "collateral", "pathway", "exists", "that", "has", "both", "Atm", "-", "and", "Bax", "-", "independent", "branches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", ",", "Atm", "-", "and", "Bax", "-", "dependent", "apoptosis", "in", "the", "CNS", "also", "required", "caspase", "-", "3", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "data", "implicate", "Bax", "and", "caspase", "-", "3", "as", "death", "effectors", "in", "neurodegenerative", "pathways", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Haim", "-", "Munk", "syndrome", "and", "Papillon", "-", "Lefevre", "syndrome", "are", "allelic", "mutations", "in", "cathepsin", "C", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "many", "palmoplantar", "keratoderma", "(", "PPK", ")", "conditions", ",", "only", "Papillon", "-", "Lefevre", "syndrome", "(", "PLS", ")", "and", "Haim", "-", "Munk", "syndrome", "(", "HMS", ")", "are", "associated", "with", "premature", "periodontal", "destruction", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "both", "PLS", "and", "HMS", "share", "the", "cardinal", "features", "of", "PPK", "and", "severe", "periodontitis", ",", "a", "number", "of", "additional", "findings", "are", "reported", "in", "HMS", "including", "arachnodactyly", ",", "acro", "-", "osteolysis", ",", "atrophic", "changes", "of", "the", "nails", ",", "and", "a", "radiographic", "deformity", "of", "the", "fingers", "." ]

[ "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "While", "PLS", "cases", "have", "been", "identified", "throughout", "the", "world", ",", "HMS", "has", "only", "been", "described", "among", "descendants", "of", "a", "religious", "isolate", "originally", "from", "Cochin", ",", "India", "." ]

[ "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Parental", "consanguinity", "is", "a", "characteristic", "of", "many", "cases", "of", "both", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "autosomal", "recessive", "transmission", "of", "PLS", "is", "evident", ",", "a", "more", "\"", "complex", "\"", "autosomal", "recessive", "pattern", "of", "inheritance", "with", "phenotypic", "influences", "from", "a", "closely", "linked", "modifying", "locus", "has", "been", "hypothesised", "for", "HMS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]

[ "Recently", ",", "mutations", "of", "the", "cathepsin", "C", "gene", "have", "been", "identified", "as", "the", "underlying", "genetic", "defect", "in", "PLS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O" ]

[ "To", "determine", "if", "a", "cathepsin", "C", "mutation", "is", "also", "responsible", "for", "HMS", ",", "we", "sequenced", "the", "gene", "in", "affected", "and", "unaffected", "subjects", "from", "the", "Cochin", "isolate", "in", "which", "both", "the", "PLS", "and", "HMS", "phenotypes", "appear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O" ]

[ "Here", "we", "report", "identification", "of", "a", "mutation", "of", "cathepsin", "C", "(", "exon", "6", ",", "2127A", "-", "-", ">", "G", ")", "that", "changes", "a", "highly", "conserved", "amino", "acid", "in", "the", "cathepsin", "C", "peptide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "mutation", "segregates", "with", "HMS", "in", "four", "nuclear", "families", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "the", "existence", "of", "a", "shared", "common", "haplotype", "for", "genetic", "loci", "flanking", "the", "cathepsin", "C", "gene", "suggests", "that", "affected", "subjects", "descended", "from", "the", "Cochin", "isolate", "are", "homozygous", "for", "a", "mutation", "inherited", "\"", "identical", "by", "descent", "\"", "from", "a", "common", "ancestor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "supports", "simple", "autosomal", "recessive", "inheritance", "for", "HMS", "in", "these", "families", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "also", "report", "a", "mutation", "of", "the", "same", "exon", "6", "CTSC", "codon", "(", "2126C", "-", "-", ">", "T", ")", "in", "a", "Turkish", "family", "with", "classical", "PLS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]

[ "These", "findings", "provide", "evidence", "that", "PLS", "and", "HMS", "are", "allelic", "variants", "of", "cathepsin", "C", "gene", "mutations", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ATM", "-", "heterozygous", "germline", "mutations", "contribute", "to", "breast", "cancer", "-", "susceptibility", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O" ]

[ "Approximately", "0", "." ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "5", "%", "-", "1", "%", "of", "the", "general", "population", "has", "been", "estimated", "to", "be", "heterozygous", "for", "a", "germline", "mutation", "in", "the", "ATM", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mutations", "in", "the", "ATM", "gene", "are", "responsible", "for", "the", "autosomal", "recessive", "disorder", "ataxia", "-", "telangiectasia", "(", "A", "-", "T", ")", "(", "MIM", "208900", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "finding", "that", "ATM", "-", "heterozygotes", "have", "an", "increased", "relative", "risk", "for", "breast", "cancer", "was", "supported", "by", "some", "studies", "but", "not", "confirmed", "by", "others", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "view", "of", "this", "discrepancy", ",", "we", "examined", "the", "frequency", "of", "ATM", "germline", "mutations", "in", "a", "selected", "group", "of", "Dutch", "patients", "with", "breast", "cancer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "We", "have", "analyzed", "ATM", "germline", "mutations", "in", "normal", "blood", "lymphocytes", ",", "using", "the", "protein", "-", "truncation", "test", "followed", "by", "genomic", "-", "sequence", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "high", "percentage", "of", "ATM", "germline", "mutations", "was", "demonstrated", "among", "patients", "with", "sporadic", "breast", "cancer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "The", "82", "patients", "included", "in", "this", "study", "had", "developed", "breast", "cancer", "at", "age", "<", "45", "and", "had", "survived", ">", "/", "=", "5", "years", "(", "mean", "15", "years", ")", ",", "and", "in", "33", "(", "40", "%", ")", "of", "the", "patients", "a", "contralateral", "breast", "tumor", "had", "been", "diagnosed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Among", "these", "patients", "we", "identified", "seven", "(", "8", ".", "5", "%", ")", "ATM", "germline", "mutations", ",", "of", "which", "five", "are", "distinct", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "splice", "-", "site", "mutation", "(", "IVS10", "-", "6T", "-", "-", ">", "G", ")", "was", "detected", "three", "times", "in", "our", "series", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Four", "heterozygous", "carriers", "were", "patients", "with", "bilateral", "breast", "cancer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "indicate", "that", "the", "mutations", "identified", "in", "this", "study", "are", "\"", "A", "-", "T", "disease", "-", "causing", "\"", "mutations", "that", "might", "be", "associated", "with", "an", "increased", "risk", "of", "breast", "cancer", "in", "heterozygotes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "conclude", "that", "ATM", "heterozygotes", "have", "an", "approximately", "ninefold", "-", "increased", "risk", "of", "developing", "a", "type", "of", "breast", "cancer", "characterized", "by", "frequent", "bilateral", "occurrence", ",", "early", "age", "at", "onset", ",", "and", "long", "-", "term", "survival", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "specific", "characteristics", "of", "our", "population", "of", "patients", "may", "explain", "why", "such", "a", "high", "frequency", "was", "not", "found", "in", "other", "series", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Human", "mutations", "in", "glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "reflect", "evolutionary", "history", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "(", "G6PD", ")", "is", "a", "cytosolic", "enzyme", "encoded", "by", "a", "housekeeping", "X", "-", "linked", "gene", "whose", "main", "function", "is", "to", "produce", "NADPH", ",", "a", "key", "electron", "donor", "in", "the", "defense", "against", "oxidizing", "agents", "and", "in", "reductive", "biosynthetic", "reactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inherited", "G6PD", "deficiency", "is", "associated", "with", "either", "episodic", "hemolytic", "anemia", "(", "triggered", "by", "fava", "beans", "or", "other", "agents", ")", "or", "life", "-", "long", "hemolytic", "anemia", "." ]

[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "We", "show", "here", "that", "an", "evolutionary", "analysis", "is", "a", "key", "to", "understanding", "the", "biology", "of", "a", "housekeeping", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "From", "the", "alignment", "of", "the", "amino", "acid", "(", "aa", ")", "sequence", "of", "52", "glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "(", "G6PD", ")", "species", "from", "42", "different", "organisms", ",", "we", "found", "a", "striking", "correlation", "between", "the", "aa", "replacements", "that", "cause", "G6PD", "deficiency", "in", "humans", "and", "the", "sequence", "conservation", "of", "G6PD", "two", "-", "thirds", "of", "such", "replacements", "are", "in", "highly", "and", "moderately", "conserved", "(", "50", "-", "99", "%", ")", "aa", ";", "relatively", "few", "are", "in", "fully", "conserved", "aa", "(", "where", "they", "might", "be", "lethal", ")", "or", "in", "poorly", "conserved", "aa", ",", "where", "presumably", "they", "simply", "would", "not", "cause", "G6PD", "deficiency", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "This", "is", "consistent", "with", "the", "notion", "that", "all", "human", "mutants", "have", "residual", "enzyme", "activity", "and", "that", "null", "mutations", "are", "lethal", "at", "some", "stage", "of", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Comparing", "the", "distribution", "of", "mutations", "in", "a", "human", "housekeeping", "gene", "with", "evolutionary", "conservation", "is", "a", "useful", "tool", "for", "pinpointing", "amino", "acid", "residues", "important", "for", "the", "stability", "or", "the", "function", "of", "the", "corresponding", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "view", "of", "the", "current", "explosive", "increase", "in", "full", "genome", "sequencing", "projects", ",", "this", "tool", "will", "become", "rapidly", "available", "for", "numerous", "other", "genes", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Constitutive", "and", "regulated", "modes", "of", "splicing", "produce", "six", "major", "myotonic", "dystrophy", "protein", "kinase", "(", "DMPK", ")", "isoforms", "with", "distinct", "properties", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Myotonic", "dystrophy", "(", "DM", ")", "is", "the", "most", "prevalent", "inherited", "neuromuscular", "disease", "in", "adults", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genetic", "defect", "is", "a", "CTG", "triplet", "repeat", "expansion", "in", "the", "3", "-", "untranslated", "region", "of", "the", "myotonic", "dystrophy", "protein", "kinase", "(", "DMPK", ")", "gene", ",", "consisting", "of", "15", "exons", "." ]

[ "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "a", "transgenic", "DMPK", "-", "overexpressor", "mouse", "model", ",", "we", "demonstrate", "here", "that", "the", "endogenous", "mouse", "DMPK", "gene", "and", "the", "human", "DMPK", "transgene", "produce", "six", "major", "alternatively", "spliced", "mRNAs", "which", "have", "almost", "identical", "cell", "type", "-", "dependent", "distribution", "frequencies", "and", "expression", "patterns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Use", "of", "a", "cryptic", "5", "splice", "site", "in", "exon", "8", ",", "which", "results", "in", "absence", "or", "presence", "of", "15", "nucleotides", "specifying", "a", "VSGGG", "peptide", "motif", ",", "and", "/", "or", "use", "of", "a", "cryptic", "3", "splice", "site", "in", "exon", "14", ",", "which", "leads", "to", "a", "frameshift", "in", "the", "mRNA", "reading", "frame", ",", "occur", "as", "independent", "stochastic", "events", "in", "all", "tissues", "examined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "the", "excision", "of", "exons", "13", "/", "14", "that", "causes", "a", "frameshift", "and", "creates", "a", "C", "-", "terminally", "truncated", "protein", "is", "clearly", "cell", "type", "dependent", "and", "occurs", "predominantly", "in", "smooth", "muscle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "generated", "all", "six", "full", "-", "length", "mouse", "cDNAs", "that", "result", "from", "combinations", "of", "these", "three", "major", "splicing", "events", "and", "show", "that", "their", "transfection", "into", "cells", "in", "culture", "leads", "to", "production", "of", "four", "different", "approximately", "74", "kDa", "full", "-", "length", "(", "heart", "-", ",", "skeletal", "muscle", "-", "or", "brain", "-", "specific", ")", "and", "two", "C", "-", "terminally", "truncated", "approximately", "68", "kDa", "(", "smooth", "muscle", "-", "specific", ")", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Information", "on", "DMPK", "mRNA", "and", "protein", "isoform", "expression", "patterns", "will", "be", "useful", "for", "recognizing", "differential", "effects", "of", "(", "CTG", ")", "(", "n", ")", "expansion", "in", "DM", "manifestation", ".", "." ]

[ "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genetic", "analysis", ",", "phenotypic", "diagnosis", ",", "and", "risk", "of", "venous", "thrombosis", "in", "families", "with", "inherited", "deficiencies", "of", "protein", "S", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "Protein", "S", "deficiency", "is", "a", "recognized", "risk", "factor", "for", "venous", "thrombosis", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "Of", "all", "the", "inherited", "thrombophilic", "conditions", ",", "it", "remains", "the", "most", "difficult", "to", "diagnose", "because", "of", "phenotypic", "variability", ",", "which", "can", "lead", "to", "inconclusive", "results", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "overcome", "this", "problem", "by", "studying", "a", "cohort", "of", "patients", "from", "a", "single", "center", "where", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", "at", "the", "genetic", "level", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Twenty", "-", "eight", "index", "patients", "with", "protein", "S", "deficiency", "and", "a", "PROS1", "gene", "defect", "were", "studied", ",", "together", "with", "109", "first", "-", "degree", "relatives", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "avoid", "selection", "bias", ",", "we", "confined", "analysis", "of", "total", "and", "free", "protein", "S", "levels", "and", "thrombotic", "risk", "to", "the", "patients", "relatives", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "group", "of", "relatives", ",", "a", "low", "free", "protein", "S", "level", "was", "the", "most", "reliable", "predictor", "of", "a", "PROS1", "gene", "defect", "(", "sensitivity", "97", ".", "7", "%", ",", "specificity", "100", "%", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", "-", "degree", "relatives", "with", "a", "PROS1", "gene", "defect", "had", "a", "5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O" ]

[ "0", "-", "fold", "higher", "risk", "of", "thrombosis", "(", "95", "%", "confidence", "interval", ",", "1", ".", "5", "-", "16", ".", "8", ")", "than", "those", "with", "a", "normal", "PROS1", "gene", "and", "no", "other", "recognized", "thrombophilic", "defect", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O" ]

[ "Although", "pregnancy", "/", "puerperium", "and", "immobility", "/", "trauma", "were", "important", "precipitating", "factors", "for", "thrombosis", ",", "almost", "half", "of", "the", "events", "were", "spontaneous", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Relatives", "with", "splice", "-", "site", "or", "major", "structural", "defects", "in", "the", "PROS1", "gene", "were", "more", "likely", "to", "have", "had", "a", "thrombotic", "event", "and", "had", "significantly", "lower", "total", "and", "free", "protein", "S", "levels", "than", "those", "relatives", "having", "missense", "mutations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "conclude", "that", "persons", "with", "PROS1", "gene", "defects", "and", "protein", "S", "deficiency", "are", "at", "increased", "risk", "of", "thrombosis", "and", "that", "free", "protein", "S", "estimation", "offers", "the", "most", "reliable", "way", "of", "diagnosing", "the", "deficiency", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "Blood", ".", "2000", ";", "95", "1935", "-", "1941", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Autoimmune", "lymphoproliferative", "syndrome", "(", "ALPS", ")", "in", "a", "child", "from", "consanguineous", "parents", ":", "a", "dominant", "or", "recessive", "disease", "?" ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Autoimmune", "lymphoproliferative", "syndrome", "(", "ALPS", ")", "is", "characterized", "by", "autoimmune", "features", "and", "lymphoproliferations", "and", "is", "generally", "caused", "by", "defective", "Fas", "-", "mediated", "apoptosis", "." ]

[ "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "report", "describes", "a", "child", "with", "clinical", "features", "of", "ALPS", "without", "detectable", "Fas", "expression", "on", "freshly", "isolated", "blood", "leukocytes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Detection", "of", "FAS", "transcripts", "via", "real", "-", "time", "quantitative", "PCR", "made", "a", "severe", "transcriptional", "defect", "unlikely", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Sequencing", "of", "the", "FAS", "gene", "revealed", "a", "20", "-", "nucleotide", "duplication", "in", "the", "last", "exon", "affecting", "the", "cytoplasmic", "signaling", "domain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "patient", "was", "homozygous", "for", "this", "mutation", ",", "whereas", "the", "consanguineous", "parents", "and", "the", "siblings", "were", "heterozygous", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "patient", "reported", "here", "is", "a", "human", "homologue", "of", "the", "Fas", "-", "null", "mouse", ",", "inasmuch", "as", "she", "carries", "an", "autosomal", "homozygous", "mutation", "in", "the", "FAS", "gene", "and", "she", "shows", "the", "severe", "and", "accelerated", "ALPS", "phenotype", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O" ]

[ "The", "heterozygous", "family", "members", "did", "not", "have", "the", "ALPS", "phenotype", ",", "indicating", "that", "the", "disease", "-", "causing", "FAS", "mutation", "in", "this", "family", "is", "autosomal", "recessive", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Identification", "of", "novel", "imprinted", "transcripts", "in", "the", "Prader", "-", "Willi", "syndrome", "and", "Angelman", "syndrome", "deletion", "region", ":", "further", "evidence", "for", "regional", "imprinting", "control", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Deletions", "and", "other", "abnormalities", "of", "human", "chromosome", "15q11", "-", "q13", "are", "associated", "with", "two", "developmental", "disorders", ",", "Prader", "-", "Willi", "syndrome", "(", "PWS", ")", "and", "Angelman", "syndrome", "(", "AS", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "B-DISEASE", "I-DISEASE", "O", "B-DISEASE", "O", "O" ]

[ "Loss", "of", "expression", "of", "imprinted", ",", "paternally", "expressed", "genes", "has", "been", "implicated", "in", "PWS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O" ]

[ "However", ",", "the", "number", "of", "imprinted", "genes", "that", "contribute", "to", "PWS", ",", "and", "the", "range", "over", "which", "the", "imprinting", "signal", "acts", "to", "silence", "one", "copy", "of", "the", "gene", "in", "a", "parent", "-", "of", "-", "origin", "-", "specific", "manner", ",", "are", "unknown", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "identify", "additional", "imprinted", "genes", "that", "could", "contribute", "to", "the", "PWS", "phenotype", "and", "to", "understand", "the", "regional", "control", "of", "imprinting", "in", "15q11", "-", "q13", ",", "we", "have", "constructed", "an", "imprinted", "transcript", "map", "of", "the", "PWS", "-", "AS", "deletion", "interval", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-DISEASE", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "imprinting", "status", "of", "22", "expressed", "sequence", "tags", "derived", "from", "the", "radiation", "-", "hybrid", "human", "transcript", "maps", "or", "physical", "maps", "was", "determined", "in", "a", "reverse", "transcriptase", "-", "PCR", "assay", "and", "correlated", "with", "the", "position", "of", "the", "transcripts", "on", "the", "physical", "map", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Seven", "new", "paternally", "expressed", "transcripts", "localize", "to", "an", "approximately", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "5", "-", "Mb", "domain", "surrounding", "the", "SNRPN", "-", "associated", "imprinting", "center", ",", "which", "already", "includes", "four", "imprinted", ",", "paternally", "expressed", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "other", "tested", "new", "transcripts", "in", "the", "deletion", "region", "were", "expressed", "from", "both", "alleles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "domain", "of", "exclusive", "paternal", "expression", "surrounding", "the", "imprinting", "center", "suggests", "strong", "regional", "control", "of", "the", "imprinting", "process", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "study", "provides", "the", "means", "for", "further", "investigation", "of", "additional", "genes", "that", "cause", "or", "modify", "the", "phenotypes", "associated", "with", "rearrangements", "of", "15q11", "-", "q13", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]